学院拥有江苏省绿色园艺工程研究中心、江苏省特色园艺作物生物育种高校重点实验室、江苏省设施园艺种子种苗工程研究中心，建有扬州大学水生蔬菜研究室、花卉研究所等10余个省、校级研究机构。近五年，新增国家级项目50项、省部级项目82项，科研总经费17887.8余万元；发表高质量科研论文508篇，其中一级高质量论文101篇，顶级期刊论文1篇。授权专利86项，其中授权发明专利65项。1项技术入选农业农村部2023年主推技术，1个品种和3项技术入选江苏省2024年农业主导品种和主推技术。研究成果先后获全国农牧渔业丰收奖一等奖、教育部科技进步一等奖、教育部技术发明二等奖、湖北省科技进步一等奖、江苏省科学技术奖二等奖、梁希林业科技进步二等奖、中国商业联合会科技进步一等奖等奖励。